Созданы холдинговая компания ОАО «ФосАгро» и управляющая компания ЗАO «ФосАгро АГ», которая взяла на себя функции по координированию деятельности ОАО «Апатит», ОАО «Воскресенские минеральные удобрения», ООО «Балаковские минеральные удобрения». В состав холдинга вошло также ОАО «Научно-исследовательский институт по удобрениям и инсектофунгицидам им. проф. Я.В.Самойлова». Позднее к холдингу присоединилось ОАО «Аммофос» — один из самых передовых и мощных в России производителей фосфорсодержащих удобрений (предприятие в то время обеспечивало примерно треть национального производства этой продукции).

В холдинг «ФосАгро» входит ОАО «Череповецкий «Азот». Череповецкие предприятия холдинга — ОАО «Череповецкий ”Азот”» и ОАО «Аммофос» — связаны единой технологической цепочкой. С целью усиления интеграции, на их базе создан Череповецкий филиал компании «ФосАгро».

ОАО «ФосАгро» начало формировать отчетность в соответствии с международными стандартами

Компания «ФосАгро» поставила 1 миллион минеральных удобрений потребителям в России и стран СНГ, что обеспечило компании безусловное лидерство на рынке.

ОАО «Воскресенские минеральные удобрения» выходит из состава холдинга «ФосАгро».

В холдинг «ФосАгро» вошла компания ООО ПК «Агро-Череповец» (производство карбамида).
Холдинг «ФосАгро» стал одним из инициаторов введения биржевой торговли минеральными удобрениями в России. В 2007 году он реализовал через Московскую фондовую биржу 254 тысяч тонн удобрений, а уже в следующем, 2008 году — более 500 тыс. тонн. Биржевые торги и открытые аукционы рассматриваются компанией не только как удобный механизм заключения сделок. Это способ повысить прозрачность и надежность контрактов на поставку, возможность исключить посредников, и, тем самым, сделать более доступными минеральные удобрения для конечных потребителей.

На ОАО «Апатит» запущена в промышленную эксплуатацию корпоративная информационная система на базе Oracle® Е-Business Suite — крупнейший в отрасли проект в России. В 2010 к системе подключены одновременно два предприятия — ОАО «Аммофос» и ОАО «Череповецкий «Азот».