Согласно уставу ОАО «ФосАгро», высшим органом управления компанией является общее собрание акционеров. Общее руководство деятельностью общества, обеспечение контроля деятельности исполнительных органов, реализация и защита прав акционеров относятся к компетенции Совета Директоров. Единоличный исполнительный орган ОАО «ФосАгро» — генеральный директор, которому подчиняются сотрудники группы компаний.